Nonostante le difficoltà di definire la residenza fiscale dei proprietari dei siti commerciali e quelle relative alla smaterializzazione dei prodotti che possono essere anche venduti completamente per via telematica, come libri, musica o servizi, le regole del fisco sono chiarissime.
Per quanto riguarda l'IVA, bisogna distinguere tra commercio elettronico diretto, con consegna per via telematica, e quello indiretto, in cui la transazione avviene in modo tradizionale con le spedizioni. Nel primo caso si applica la prestazione di servizi regolata dal D.P.R. 633/72 art.7 del Ministero delle Finanze. Nel caso di consegna fisica si applicano le norme del Dpr. 633/72.
Le imposte variano a seconda se le transazioni commerciali siano scambiate tra soggetti europei o extra-europei. Nel primo caso si applica quanto stabilito dal Dir. 31/2000. Nel secondo caso le tassazioni avvengono al passaggio della dogana. Una recente direttiva varata dalla Commissione europea su iniziativa di Frits Bolkenstein, commissario europeo responsabile del mercato interno, ha stabilito che le aziende extra-europee con fatturato superiore a 100 mila euro (ovvero più di 200 milioni di lire) devono registrarsi in uno dei paesi dell'Unione e pagare l'IVA. Per saperne di più potete leggere il documento originale in formato PDF. Apparentemente questa decisione sembrerebbe creare uno svantaggio alle aziende esterne, ma d'altra parte queste, pagando le tasse, riceverebbero un controllo maggiore e una protezione dagli atti - così frequenti - di pirateria.
Stesse conclusioni trae Giancarlo Fornari (responsabile dell'Ufficio per l’informazione del contribuente del Ministero delle Finanze) nella sua relazione sulla fiscalità nel Web. Il dato più grave che emerge da questa relazione è che senza interventi legislativi specifici l'Italia corre il rischio di avere un deficit nel commercio elettronico di 22.000 miliardi di lire nel 2003 circa secondo le stime di Data Bank. E' nello stesso interesse delle imprese premere per una legislazione chiara che tuteli l'economia del paese.